封面故事:利用海量數據的最新策略?
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研究人員怎樣才能應對現代方法所產(chǎn)生的大量數據流?在本期的“Big data special”專(zhuān)題中,Nature記者對目前正在制訂的、用以最為充分地利用海量數據的最新策略進(jìn)行了探討。
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研究人造原子能級的新方法
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歷史上,研究人員通過(guò)觀(guān)察原子的光譜線(xiàn)來(lái)了解基本物質(zhì)的離散能級。該方法涉及對入射光線(xiàn)進(jìn)行掃描,以尋找清晰的吸收線(xiàn),后者是當一個(gè)頻率與兩個(gè)能級之間的間隙相匹配時(shí)出現的。從上世紀90年代開(kāi)始,研究人員利用相干微波輻射源和頻率光譜學(xué)方法對人造原子(具有原子一樣的能量結構的量子系統)也進(jìn)行了研究。然而,關(guān)于能級譜的很多信息仍然不清楚,因為該方法對高頻率不適用。Berns等人研究出一種互補性方法,在這種方法中,一個(gè)人造原子的能級不是通過(guò)調頻來(lái)掃描,而是通過(guò)調幅來(lái)掃描,同時(shí)又根據譜圖中的一個(gè)特定特征對頻率進(jìn)行調制。通過(guò)這種方法可以獲得大量新的光譜信息。這種方法普遍適用于一系列人造和天然原子。
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微RNA在蛋白層面上對基因表達的調控程度
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MicroRNAs可通過(guò)抑制一個(gè)信使RNA(mRNA)的轉錄或通過(guò)誘導其降解來(lái)調控基因表達。雖然以前的研究工作已經(jīng)在mRNA層面上對這種調控進(jìn)行了測量,但過(guò)去對有多少調控發(fā)生在蛋白層面上仍不知道?,F在,由David Bartel和Nikolaus Rajewsky領(lǐng)導的兩個(gè)小組,利用被稱(chēng)為SILAC(全稱(chēng)為“利用細胞培養中的氨基酸進(jìn)行穩定同位素標記”)的方法的變通形式,對蛋白層面上所發(fā)生的蛋白組范圍內的變化作為內生和外生microRNAs的表達的一個(gè)函數進(jìn)行了測量。他們發(fā)現,雖然microRNAs能直接抑制數百個(gè)基因的轉錄,但更多的間接效應卻能導致數千個(gè)基因的表達發(fā)生變化。然而,所觀(guān)察到的很多變化在數量級上不到兩倍,表明不管是直接還是間接,microRNAs都能充當“可變電阻器”,來(lái)微調蛋白合成,以便在任何一個(gè)給定的時(shí)間都能與細胞的需求相匹配。
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銀河系中心黑洞的觀(guān)測研究
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研究人員在1.3mm這個(gè)相對較短的射電波長(cháng),利用甚長(cháng)基線(xiàn)干涉儀(VLBI)獲得了對有可能是銀河系中心一個(gè)超大質(zhì)量黑洞的“人馬座A*”(SgrA*)的內在大小的一個(gè)新的估計值。所獲得的關(guān)于SgrA*大小的下限值,小于對假設中的黑洞的視界大小的預測值,說(shuō)明SgrA*的輻射并不是以黑洞本身為中心,而是以周?chē)奈e流為中心。VLBI在1.3mm左右(在這個(gè)波長(cháng)要比在較長(cháng)的波長(cháng)受星際散射的影響更?。︺y河系中心所作的觀(guān)測,為研究黑洞物理學(xué)打開(kāi)了一個(gè)新窗口。隨著(zhù)新的VLBI觀(guān)測站的建設,該領(lǐng)域研究工作的精確度將會(huì )更高。
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一種制備穩定WOW乳液的新方法
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本身分布在水相中的較大油滴內的小水滴是一種雙乳化乳液類(lèi)型。雖然它們相對于“油包水”乳液有一定優(yōu)勢,但“水包油包水”(WOW)乳液卻難以制備,往往不穩定,需要復雜的技術(shù)或表面活性劑混合物?,F在,加州大學(xué)洛杉磯分校的一個(gè)由來(lái)自多個(gè)系的研究人員組成的研究小組,研究出一種利用“雙親二嵌段共聚多肽”制備雙乳化乳液的方法。這樣制備出的乳液能穩定幾個(gè)月,其中多肽片段中氫鍵的控制起一個(gè)穩定因子的作用。該方法甚至還能生成穩定的雙乳化納米乳液(用現有方法是不可能做到的),這樣的乳液在化妝品、食物和藥物輸送中有可能派上用場(chǎng)。
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有毒虎蛾對抗捕食者的多種方式
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有毒的虎蛾歷史上是有警告色的昆蟲(chóng)的著(zhù)名例子;后來(lái)人們發(fā)現,蝙蝠將這些昆蟲(chóng)所產(chǎn)生的超聲波與毒性聯(lián)系在一起,而且無(wú)毒物種也能得益于發(fā)出類(lèi)似的聲音。在對加拿大東南安大略26種蛾子所作的一項研究中,John Ratcliffe和Marie Nydam發(fā)現,虎蛾的警告信號隨著(zhù)一年中時(shí)間的不同而變化,因此也隨著(zhù)它們最有可能碰到的捕食者的類(lèi)型而變化。在春天出現的蛾子物種,往往用視覺(jué)信號如鮮艷的色彩來(lái)警告捕食者,告訴它們自己是不能吃的,因為在春天鳥(niǎo)類(lèi)是其最大的威脅。在夏天出現的蛾子物種更多地依靠超聲來(lái)趕走能夠進(jìn)行回聲定位的蝙蝠,后者在夏季對其構成主要威脅。同樣,在白天活躍的物種更多地依靠視覺(jué)警告信號,而超聲信號在晚上更有用。這項研究說(shuō)明了,來(lái)自?xún)煞N截然不同捕食者的選擇壓力何以能夠引導昆蟲(chóng)警告系統中不同組成部分的演化,從而導致同一物種內擁有多樣化的對抗捕食者的防衛體系。
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帶有寄生病毒的巨病毒
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巨病毒分離毒株來(lái)自英國B(niǎo)radford的一個(gè)冷卻塔。最初因其大?。ㄊ且阎畲蟛《镜娜洞?,而且大于很多細菌),該病毒被誤認為一種細菌,它是在名為“Acanthamoeba polyphaga”的原生動(dòng)物中發(fā)現的。當它被識別為一種病毒時(shí),它被稱(chēng)之為一種模仿病毒(mimivirus,因其與細菌相似而得名)正式稱(chēng)謂為APMV?,F在,一種新的、甚至更大的APMV毒株已從巴黎一個(gè)水冷卻塔中分離出來(lái)。引人注目的是,該病毒并不是孤立的,其本身還被一種“衛星病毒”所寄生。被稱(chēng)為Sputnik的這種病毒在“建造”在被APMV共感染的阿米巴中的“病毒工廠(chǎng)”中復制。比照噬菌體,Sputnik被看作是人們所發(fā)現的第一種噬病毒體。它也許只是一座噬病毒體冰山之一角,因為對海洋水域所進(jìn)行的宏基因組學(xué)研究顯示,存在大量與巨病毒密切相關(guān)的基因序列,從而導致人們懷疑:它們是一種共同的浮游生物寄生蟲(chóng)。
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來(lái)源:科學(xué)時(shí)報